Ambtelijke leiding
Naast de politieke leiding van het Ministerie van Defensie, die in handen is van de minister, is er ook iemand belast met de ambtelijke leiding over het departement. Dat is de secretaris-generaal (SG). De SG voert zijn taak uit in overeenstemming met het politieke beleid. Hij coördineert en integreert de hoofdlijnen van het Defensiebeleid en geeft hierover informatie en advies aan de politieke leiding.
De SG is verantwoordelijk voor het vaststellen van de beleidsdoelstellingen binnen Defensie. Ook de bedrijfsvoering van het departement valt onder de verantwoordelijkheid.
Sinds 21 augustus 2023 is Maarten Schurink secretaris-generaal van Defensie.