• Corona
• Curatieve zorg
• Bevolkingsonderzoeken, o.a. kanker
• Zorgverzekeringswet
• Zorgtoeslag en pakketbeheer
• Drugs
• Genees- en hulpmiddelen
• IGJ
• Gezondheidsbescherming: voedsel en productveiligheid en toezicht daarop door NVWA
• Infectieziektebestrijding
• Medische technologie en innovatie
• Eigenaarstaken concernorganisaties
• Kennis en informatie-infrastructuur
• Medisch-ethische vraagstukken
• Pandemische paraatheid
• Betaalbaarheid van de zorg
• Duurzaamheid in de zorg
• Medisch-specialistische vervolgopleidingen

• 1972-1978
  Gymnasium-B Christelijke Scholengemeenschap Emmeloord
• 1978-1979
  Propedeuse scheikunde Rijksuniversiteit Groningen
• 1979-1986
  Geneeskunde Rijksuniversiteit Groningen
• 1986-1991
  Arts-assistent in opleiding interne geneeskunde Deventer Ziekenhuis en UMCG
• 1991-1994
  Arts-assistent in opleiding MDL (Maag-Darm-Leverarts) in VUMC
• 1995
  Promotie 'The interrelation between Helicobacter pylori, chronic gastritis and gastric cancer' (cum laude)

• 1994-1995
  Staflid en chef-de-policlinique, afdeling MDL VUMC
• 1995-1997
  Staflid, afdeling Infectious Diseases, Vanderbilt University Medical Center, Nashville TN, VS
• 1997-2000
  Staflid en chef-de-policlinique, afdeling MDL VUMC
• 2000-2012
  Hoogleraar/afdelingshoofd Maag-, Darm- en Leverziekten, Erasmus MC, Rotterdam
• 2006-2012
  Hoogleraar/afdelingshoofd Inwendige Geneeskunde, Erasmus MC
• 2006-2010
  Clustervoorzitter afd. Dermatologie, Inw Geneesk, MDL, Longziekten, en Reumatologie, Erasmus MC
• 2010-2012
  Voorzitter Thema Dijkzigt (Afdelingen Dermatologie, Heelkunde, Inwendige Geneeskunde, MDL, Orthopedie, Plastische Chirurgie, Reumatologie, en Revalidatie), Erasmus MC
• 2010-2012
  Voorzitter Stafbestuur Erasmus MC
• 2013-01/2022
  Voorzitter Raad van Bestuur Erasmus MC
• 10 januari 2022
  Dr. E.J. Kuipers benoemd tot minister van Volksgezondheid, Welzijn en Sport

Ernst Kuipers heeft een groot aantal (bestuurlijke) functies binnen de gezondheidszorg bekleed. Hij was onder meer:

• April 2021 - januari 2022
  Lid Raad van Bestuur National University Health System in Singapore
• 2016 - januari 2022
  Voorzitter Landelijk Netwerk Acute Zorg
• 2013 - januari 2022
  Bestuurslid Nederlandse Federatie UMC’s
• 2010-2015
  Lid RIVM voorbereidingsgroep Bevolkingsonderzoek darmkanker en lid landelijke commissie invoering Bevolkingsonderzoek darmkanker
• 2003-2014
  Lid Gezondheidsraad