De volgende zelfstandige bestuursorganen vallen onder VWS:
- Beoordelingscommissie Dopingzaken (BDz)
- CAK
- Centrale Commissie Mensgebonden Onderzoek (CCMO)
- CIZ
- College ter Beoordeling van Geneesmiddelen (CBG)
- College donorgegevens kunstmatige bevruchting
(Cdkb) - College Sanering Zorginstellingen (CSZ)
- Dopingautoriteit
- Landelijke commissie sociale hygiëne (Lcsh)
- Nederlandse Zorgautoriteit (NZa)
- Pensioen- en Uitkeringsraad (PUR)
- Zorginstituut Nederland (ZIN)
- ZonMw